İstanbul 14. Ağır Ceza Mahkemesi, kamu görevlilerine ilişkin iddianameyi kabul ettikten sonra dava dosyasını, Ogün Samast, Yasin Hayal, Erhan Tuncel'in aralarında bulunduğu 18 sanıklı ana davayla birleştirilmesi için İstanbul 5. Ağır Ceza Mahkemesine göndermişti.
Bu mahkemenin heyeti, "Birleştirme kararında muvafakat talep edilmediği, mahkemenin terör suçlarına bakmakla görevli olmadığı, ana davada yargılamanın ileri aşamaya geldiği ve bu davada yargılananlarla yeni davada yargılanacak kamu görevlileri arasında ortak sanık bulunmadığı" gerekçeleriyle dosyayı İstanbul 14. Ağır Ceza Mahkemesine iade etmişti.
İstanbul 14. Ağır Ceza Mahkemesi, aralarında eski Emniyet Genel Müdürlüğü İstihbarat Daire Başkanı Ramazan Akyürek, eski İstihbarat Daire Başkanlığı Personel Şube Müdürü Coşgun Çakar ve eski İstihbarat Daire Başkanlığı C Şube Müdürü Ali Fuat Yılmazer'in de bulunduğu 26 sanıklı yeni davayla ilgili, görev ve yetki açısından mahkemeler arasındaki uyuşmazlığın çözülmesi amacıyla dosyanın Yargıtay 5. Ceza Dairesine gönderilmesine karar vermişti.
Yargıtay 5. Ceza Dairesi, iki davanın birleştirilerek İstanbul 14. Ağır Ceza Mahkemesinde görülmesini kararlaştırdı.
